Sektor unggulan kelautan dan perikanan di Kabupaten Halmahera Barat terdapat pada 2 sub sektor yaitu sub sektor perikanan tangkap dan sub sektor perikanan
budidaya.
1. PERIKANAN TANGKAP
Produksi perikanan tangkap di Kabupaten Halmahera Barat didominasi oleh jenis ikan pelagis kecil. Jenis ikan tersebut adalah ikan kembung, ikan layang biru dan ikan selar dimana total produksi ketiga jenis ikan ini mencapai 11,196 ton atau sebesar 62,39% dari total produksi perikanan tangkap kabupaten Halmahera Barat. Pemasaran hasil tangkapan nelayan dipasarkan secara lokal dan juga diekspor ke luar daerah bahkan ke luar negeri. Komoditas perikanan tangkap yang diekspor ke luar negeri adalah ikan tuna. Kegiatan ekspor komoditas tuna sementara ini dilakukan oleh kelompok nelayan yang terbentuk secara mandiri dan juga kelompok nelayan “Fair Trade” di Desa Tongute Ternate, Kecamatan Ibu dan juga di Desa Saria, Kecamatan Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat. Kelompok nelayan ini merupakan kelompok binaan Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Halmahera Barat dengan LSM Masyarakat dan Perikanan Indonesia (MDPI).
II. PERIKANAN BUDIDAYA
Perikanan budidaya merupakan Salah satu sub sektor kelautan dan perikanan yang tak kalah potensialnya dengan sub sektor perikanan tangkap. Sub sektor ini merupakan salah satu pilihan strategis dalam pengembangan usaha di bidang kelautan dan perikanan kedepannya.
Potensi lahan untuk sub sektor perikanan budidaya di Kabupaten Halmahera Barat adalah 3.499 Ha yang tersebar di 8 kecamatan diantaranya Kecamatan Jailolo,Jailolo Selatan, Sahu, Sahu Timur, Ibu, Ibu Selatan, Tabaru dan Loloda.
Data statistik menunjukan bahwa total lahan perikanan budidaya air tawar, air payau dan air laut ang telah termanfaatkan adalah 4,32 Ha atau sekitar 12,35% dari total potensi lahan sub sektor erikanan budidaya di Kabupaten Halmahera Barat yang tersebar di 6 kecamatan di Kabupaten almahera Barat.
Salah komoditas yang menjadi unggulan dan memiliki prospek baik kedepannya adalah udang vanname. Komoditas udang vanname sementara ini menjadi perhatian khusus Pemerintah Daerah Kabupaten Halmahera Barat melalui Dinas Kelautan dan perikanan yang kemudian akan dijadikan komoditas unggulan dalam pengembangan sub sektor perikanan budidaya di Kabupaten Halmahera Barat kedepannya. Langkah strategis yang telah dilakukan adalah pembangunan tambak percontohan UPTD budidaya perikanan yang terfokus untuk membudidayakan udang vanname, dimana produksi dan pendapatan yang telah dihasilkan pun relatif tinggi. Hal ini dilakukan sebagai bagian dari upaya untuk dapat berkontribusi dalam menaikan pendapatan asli daerah (PAD) Kabupaten Halmahera Barat.